L'occupation progressive de
l'Afrique occidentale provoque la réaction des populations
locales. La présence espagnole, limitée aux zones
côtières, favorise la liberté d'action et la
lutte des diverses tribus sahraouies, ce qui menace
l'établissement des puissances coloniales françaises et
espagnoles.Un leader religieux, Cheikh Ma El Ainin, originaire de la Mauritanie, rejoint le Saguiet El Hamra pour y développer la réaction à l'occupation coloniale tant au nord qu'au sud du Sahara. Dans un premier temps il trouve l'appui du sultan du Maroc mais lorsque celui-ci prend définitivement le chemin de la collaboration avec la France, il n'hésite pas à lancer une "guerre sainte" contre le monarque marocain. Il faut l'intervention de l'armée française pour arrêter l'avancée des patriotes, le 23 juin 1910. Le Cheikh meurt quelques mois après, en octobre 1910, mais le combat est poursuivi par son fils El Hiba qui entre à Marrakech en 1912. Utilisant son "droit de poursuite", la France réagit violemment en attaquant les résistants sahraouis dans leur territoire. C'est ainsi qu'en 1912 la ville de Smara est complètement détruite, y compris la célèbre bibliothèque riche de 5000 manuscrits. Le 30 mars de cette même année, la France établit son protectorat sur le Maroc.
De 1924 à 1932 les Sahraouis mènent une véritable guérilla en utilisant la traditionnelle tactique des razzias avec de longs déplacements rendus rapides par la légèreté de l'équipement, la mobilité du dromadaire, et la connaissance du terrain. Ils lancent des attaques inattendues contre les postes militaires dans le désert et même à Nouadhibou. Après la lourde défaite de Moutounsi le 18 août 1932, où un "groupe nomade" français est anéanti, des opérations de grande envergure sont lancées pour pacifier la région. La répression est brutale. Parmi les victimes, Ahmed Ould Aida, l'émir de l'Adrar, région montagneuse de la Mauritanie à l'extrémité de la pointe méridionale du Sahara, est tué en mars 1932 par les autorités françaises pour sa collaboration avec les "rebelles" .
Très active dans la région, la France devient la cible principale des attaques Sahraouies. Elle appelle l'Espagne à la collaboration pour pacifier le territoire relevant de sa compétence. C'est ainsi qu'à partir de 1934, l'Espagne, jusque-là implantée seulement sur la côte, s'installe effectivement à l'intérieur du pays.